IIRC no hay límite en PHPMyAdmin ni en MySQL:el límite está en el tamaño POST (configuración del servidor web) o el tamaño de carga del archivo (php.ini). Si no puede cambiar ninguno de estos, entonces deberá cargar el archivo por otros medios entonces...
mysql -u username -p <mysql_export_file.sql
Si no puede cargar archivos/no tiene acceso de shell/no tiene una versión CLI del cliente mysql disponible, entonces lo siguiente que debe intentar es ver si puede conectarse de forma remota usando el cliente CLI mysql:
mysql -u username -h www.example.com -p
Si esto se conecta correctamente, entonces salga y ejecútelo nuevamente canalizando el archivo exportado
mysql -u username -h www.example.com -p <mysql_export_file.sql
Si eso no funciona, deberá dividir el archivo de exportación en varios fragmentos más pequeños o escribir su propio cargador de datos que filtra los datos.
C.