Diferencia entre dos columnas en mysql

Solo necesita agregar la lógica en el where cláusula:

SELECT `p_Id`,`user_id`,`doc_id`,`credit` ,`app_date`,`expires_on`,
       (credit -debited_amount) AS credit
FROM `wp_loyalty_credits`
WHERE `expires_on`>now() and (credit > debited_amount or debited_amount is null);

Tu consulta redefine credit en el select . Sin embargo, eso es irrelevante, porque no puede hacer referencia a un alias de columna en el where cláusula. Entonces, la columna credit es lo que usaba. Es más claro si agrega alias de tabla:

SELECT lc.p_Id, lc.user_id, lc.doc_id, lc.credit, lc.app_date, lc.expires_on,
       (lc.credit - lc.debited_amount) AS credit
FROM `wp_loyalty_credits` lc
WHERE lc.expires_on > now() and
      (lc.credit > lc.debited_amount or lc.debited_amount is null);