no debería usar phpmyadmin para esto, debería usar mysqldump. desde la línea de comando es
mysqldump -uMYSQL-USER -h server -pMYSQL-USER database_name > /path-to-export
desde un script php
$command = "mysqldump -uMYSQL-USER -h server -pMYSQL-USER database_name > /path-to-export/file.sql";
exec($command, $output, $return_var);
esto es fácil de automatizar con un cronjob
