Puede configurar varias instancias de mysql, pero para su situación es mejor crear diferentes bases de datos dentro de la misma instancia.
Puede crear bases de datos y luego agregar usuarios que solo tienen acceso para manipular la base de datos que se les proporciona y nada más.
Esencialmente, la jerarquía es la siguiente:
Mysql (root or any other super user can see everything)
- Your DB
- Your Users
- Your tables/functions/Procedures/etc
- Their DB
- Their Users
- Their tables/functions/procedures/etc.
Básicamente separas el acceso para cada uno, y en PHPMyAdmin es muy fácil. Los pasos son:
- Añadir base de datos
)
- Agregar usuario, restringiéndolos a esa base de datos permitiendo solo los privilegios que desea otorgar a ese usuario y solo a esa base de datos. (Guía aquí )