Para ubuntu (utilicé ubuntu 12.04), la configuración predeterminada de phpmyadmin apache se puede encontrar en /etc/phpmyadmin/apache.conf
Puede abrirlo escribiendo sudo nano /etc/phpmyadmin/apache.conf
y cambia el tercero
Alias /yournewalias /usr/share/phpmyadmin
No olvides reiniciar el servicio apache,
sudo service apache2 restart