Hay un distinct comando en mongodb, que se puede usar junto con una consulta. Sin embargo, creo que esto solo devuelve una lista distinta de valores para una clave específica que nombre (es decir, en su caso, solo obtendrá los valores de identificación), por lo que no estoy seguro de que esto le dará exactamente lo que quiere si necesita los documentos completos; es posible que necesite MapReduce en su lugar.
Documentación sobre distintos:http://www.mongodb.org/display/DOCS/Aggregation#Aggregation-Distinct
