Debe configurar el modo "secundario correcto" para que el mongo Shell sepa que está permitiendo lecturas desde un secundario. Esto es para protegerlo a usted y a sus aplicaciones de realizar lecturas eventualmente consistentes por accidente. Puede hacer esto en el shell con:
rs.secondaryOk()
Después de eso, puede consultar normalmente desde secundarios.
Una nota sobre la "coherencia eventual":en circunstancias normales, los secundarios del conjunto de réplicas tienen todos los mismos datos que los primarios en un segundo o menos. Bajo una carga muy alta, los datos que ha escrito en el principal pueden tardar un tiempo en replicarse en los secundarios. Esto se conoce como "retraso de réplica", y la lectura de un secundario retrasado se conoce como lectura "eventualmente consistente", porque, si bien los datos recién escritos aparecerán en algún momento (salvo fallas en la red, etc.), es posible que no sea inmediatamente disponible.
Editar: Solo necesita configurar secondaryOk
al consultar desde secundarios, y solo una vez por sesión.