¿La forma más fácil de copiar/clonar una instancia de documento de mangosta?

Debe restablecer d1.isNew = true; como en:

Model.findById(yourid).exec(
    function(err, doc) {
        doc._id = mongoose.Types.ObjectId();
        doc.isNew = true; //<--------------------IMPORTANT
        doc.save(callback);
    }
);