Cómo consultar una colección de subdocumentos utilizando MongoDB y el controlador C#

Prueba ElemMatch :

var thread = threadHelper.Collection.Find(
    Query.And(
        Query.ElemMatch("Recipients", Query.EQ("UserId", user.Id)), 
        Query.ElemMatch("Recipients", Query.EQ("UserId", sendToUser.Id))
    )
).SingleOrDefault();