De hecho, también tiene una tercera posibilidad:key: ""
(valor vacío)
Y olvida una especificidad sobre el valor nulo. Consulta en key: null
recuperará todos los documentos donde la clave sea nula o donde la clave no existe.
Cuando una consulta en $exists:false
recuperará solo el documento donde la clave de campo no existe.
Para volver a su pregunta exacta, depende de sus consultas y de lo que representan los datos. Si necesita mantener eso, por ejemplo, un usuario estableció un valor y luego lo deseleccionó, debe mantener el campo como nulo o vacío. Si no lo necesita, puede eliminar este campo.