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Almacenar nulo frente a no almacenar la clave en absoluto en MongoDB

De hecho, también tiene una tercera posibilidad:key: "" (valor vacío)

Y olvida una especificidad sobre el valor nulo. Consulta en key: null recuperará todos los documentos donde la clave sea nula o donde la clave no existe.

Cuando una consulta en $exists:false recuperará solo el documento donde la clave de campo no existe.

Para volver a su pregunta exacta, depende de sus consultas y de lo que representan los datos. Si necesita mantener eso, por ejemplo, un usuario estableció un valor y luego lo deseleccionó, debe mantener el campo como nulo o vacío. Si no lo necesita, puede eliminar este campo.