¿Cómo cambiar el nombre de la colección en mongoose.model?

Puede usar esta estructura. La estructura API de mongoose.model es esta:

 Mongoose#model(name, [schema], [collection], [skipInit])

lo que significa

 mongoose.model('User', AdminSchema, 'admin'); 
 //Here 3rd argument 'admin': as collection name

También puedes hacerlo con esto

let AdminSchema = mongoose.Schema({
  username : String,
  password : String.
  ....... 
}, { collection: 'admin' });

Vea este enlace de la documentación de Mongoose.