No sé el formato de URI que está utilizando. Pero inicialmente tuve el mismo problema cuando intenté conectar mi aplicación de nodo con la instancia de Mongo de AWS.
Usando la picadura de URI larga con todo el nombre del clúster como este
mongoURI = 'mongodb://username:[email protected]:27017,mongo-instance-shard-00-01-a4iv8.mongodb.net:27017,mongo-instance-shard-00-02-a4iv8.mongodb.net:27017/test?ssl=true&replicaSet=mongo-instance-shard-0&authSource=admin&retryWrites=true&w=majority'
En lugar de algo como esto:mongodb+srv://server.example.com/
Esto funcionó para mí. También podría ayudarte.
Además, encontré esto para la documentación de digital ocean link y mongo para la cadena de conexión
