¿Cuál es la forma recomendada de eliminar índices usando Mongoose?

Para hacer esto a través del modelo Mongoose para la colección, puede llamar a dropAllIndexes de la colección nativa:

MyModel.collection.dropAllIndexes(function (err, results) {
    // Handle errors
});

Actualizar

dropAllIndexes está en desuso en la versión 2.x del controlador nativo, por lo que dropIndexes debería usarse en su lugar:

MyModel.collection.dropIndexes(function (err, results) {
    // Handle errors
});