¿Convertir una fecha almacenada de mongo en milisegundos desde la época de Unix cuando se cargó?

Puede agregar la versión numérica en milisegundos de timestamp como un atributo virtual en el esquema:

schema.virtual('timestamp_ms').get(function() {
  return this.timestamp.getTime();
});

Luego puede habilitar la inclusión del campo virtual en toObject llama a las instancias del modelo a través de una opción en su esquema:

var schema = new Schema({
  timestamp: Date
}, {
  toObject: { getters: true }
});