Yo tuve el mismo problema. El _id en mi colección DB era un String . Después de habilitar la depuración de mongoose require('mongoose').set('debug', true) , descubrí que la consulta mangosta id como ObjectId("yourId") a menos que definamos _id en el Esquema. Para resolver el problema tuve que agregar _id:String en el esquema de la mangosta.
const MyDataSchema = new Schema({
_id: String,
...
...
}