Es probable que esta pregunta esté relacionada con los siguientes errores:
- La consulta de conteo interrumpido devuelve 0 como resultado del conteo
- el comando count devuelve cero en algunos casos de error en lugar de informar un error con ok:false
En mi caso (mongodb 2.0.1) estaba relacionado con la corrupción de la base de datos. Ver find().count() error?