Nestjs:esquema correcto para la matriz de subdocumentos en mongoose (sin _id predeterminado o redefinir ObjectId)

Tus members prop no es una matriz simple. Es una colección de documentos secundarios y debe declararse como [SchemaTypes.ObjectId] que implementará subdocumentos con _id campo a través de mongo predeterminado ObjectID valor:

@Prop({ type: [SchemaTypes.ObjectId], ref: 'GuildMember'})
members: GuildMember[]