Por supuesto que es posible, pero deberá encontrar una manera de forzar la flexibilidad de una base de datos de documentos como MongoDB en un RDBMS como SQL Server.
Significa que debe definir cómo desea manejar los campos faltantes (¿será un NULL en la columna db? ¿o un valor predeterminado?) y otras cosas que generalmente no encajan bien en una base de datos relacional.
Dicho esto, puede usar una herramienta ETL capaz de conectarse a ambas bases de datos, SSIS puede ser un ejemplo si desea permanecer en el mundo de MicroSoft (puede verificar esto Importación de datos de MongoDB mediante SSIS 2012 para tener una idea) o puede optar por una herramienta de código abierto como Integración de Big Data de Talend que tiene un conector a MongoDB (y por supuesto a SQL Server).
