Un rápido grep del árbol fuente parece indicar que los índices únicos solo se usan en la inserción, por lo que no debería haber ningún beneficio o detrimento en el rendimiento entre una consulta que devuelve un documento, ya sea que el índice sea único o no.
Los índices de MongoDB se implementan como btrees, por lo que no tendría ningún sentido lógico que funcionaran de manera diferente, ya sea que el índice sea único o no.
