Puede ejecutar el comando con el método "comando" del objeto DB en el controlador Java. La documentación de la API se puede encontrar aquí:http://api.mongodb.org/java/current/com/mongodb/DB.html#command%28com.mongodb.DBObject%29
Así es como se puede ejecutar el comando usando el controlador Java:
BasicDBObject myCmd = new BasicDBObject();
myCmd.append("geoNear", "data");
double[] loc = {-73.9000, 40.7000};
myCmd.append("near", loc);
myCmd.append("spherical", true);
myCmd.append("maxDistance", (double)2500/6378137);
myCmd.append("distanceMultiplier", 6378137);
System.out.println(myCmd);
CommandResult myResult = db.command(myCmd);
System.out.println(myResult.toString());
Agregué algunas declaraciones System.out.println, para que pueda ver cómo se ve el documento de comando y una representación de cadena de los resultados que se devuelven.
Puede agregar num:1 al documento de comando para limitar los resultados a 1.
myCmd.append("num", 1);
Esto se indica en la documentación de geoNear:http://www.mongodb .org/display/DOCS/Geospatial+Indexing#GeospatialIndexing-geoNearCommand
Con suerte, esto te ayudará a comenzar. ¡Buena suerte!