Deberá usar comillas dobles para contener la cadena de consulta (y comillas simples o dos comillas para escapar dentro de la cadena)
--query "{'recent':'yes'}"
Completa:
mongoexport --host foo.com --port 27017 --username bar -p
--db foo --csv --fields col1,col2,col3
--collection bar --out dump_q.csv --query "{'recent':'yes'}"