Aplique el índice a "loc" (el campo GeoJSON) como lo ha hecho. Sin embargo, asegúrese de que sus coordenadas estén especificadas en el orden de Longitud, Latitud (no Latitud, Longitud ).
Según la documentación en http://docs.mongodb.org/manual/ aplicaciones/índices-geoespaciales/#esférica :
Además, según la especificación de GeoJSON en http://geojson.org/geojson-spec.html# posiciones :