actualización de mongoose:$inc no funciona en upsert

No puede aumentar un valor cuando no existe (todavía). Puedes usar $setOnInsert para configurar user_count a 1 al insertar el documento. Aquí están los documentos para $setOnInsert .

Su consulta se verá así:

var Appuser = new Appusers({
    imei: req.body.imei,
    install_flag : 1
});

Appusers
    .update({
        imei: Appuser.imei
    }, {
        $set: upsertData,
        $setOnInsert: {
            user_count: 1
        },
        $inc: {
            user_count:1
        }
    }, {
        upsert: true
    }, function(err, data) {
        if(err) return console.log(err);
        res.send(data);
    });