No puedo hablar de ello en relación con MongoDB, pero en la base de datos SQL, no, no es la mejor práctica. Eso no significa que no haya un caso de uso ocasional, sino "mejores prácticas", no.
Guárdelos como fechas, recupérelos como fechas. Su mejor apuesta es configurar su base de datos para almacenarlos como UTC (en términos generales, "GMT") para que los datos sean portátiles y pueda usar diferentes horas locales según corresponda (por ejemplo, si la base de datos es utilizada por usuarios geográficamente diversos) y manejar cualquier conversión de UTC a la hora local en la capa de la aplicación (por ejemplo, a través de Calendar o una biblioteca de fechas de terceros).
Almacenar fechas como números significa que es difícil generar informes sobre su base de datos, ejecutar consultas ad-hoc, etc. Cometí ese error una vez, no es uno que repetiré sin realmente buena razón. :-)
