La base de datos de Mongo guarda datos del mapa

Tipos Java nativos (int , float , String , Date , Map, etc.) se codificará automáticamente en el tipo BSON correcto, por lo que puede usar un BasicDBObject poner el Map directamente a la colección mongo:

// you probably want to be more specific with your generics than Object!
Map<Object,Object> map = new HashMap<Object,Object>();
map.put("1", "Department A");
map.put("2", "Department B");
collection.insert(new BasicDBObject(map));

Sin embargo, se parece a su Map en realidad no tiene la estructura que desea, por lo que necesita algún tipo de asignación a la estructura deseada. O use el mapeo básico que está integrado en el controlador Java (está en el camino correcto llamando a BasicDBObject.put y aquí son algunas ideas más), o use algo como Morphia para el mapeo extendido.