El operador $not no invierte una expresión compleja. Debe usar $and o $or para expresiones complejas.
Usando reglas lógicas, sabemos que los siguientes son idénticos:
not ( A and B ) = not A or not B
Usando el lenguaje de consulta de MongoDB, tendría:
db.collection.find({$or:[{"a":{"$ne":false}},{"b":{"$ne":"condition"}}]})
OR simplifying the double boolean:
db.collection.find({$or:[{"a":true},{"b":{"$ne":"condition"}}]})
Usando el marco de agregación de MongoDB, tendría:
db.collection.aggregate([{"$match":{$or:[{"a":{"$ne":false}},{"b":{"$ne":"condition"}}]}}])
OR again, simplified to:
db.collection.aggregate([{"$match":{$or:[{"a":true},{"b":{"$ne":"condition"}}]}}])