estructura anidada de consulta mongodb

Debe anidar el $elemMatch operadores para hacer coincidir los niveles anidados de sus matrices para que coincidan con el elemento:

db.coll.find({
    "categories": { 
        "$elemMatch": { 
            "values": { 
                "$elemMatch": {
                    "$elemMatch": { "$in": ["A"] }
                }
            }
        }
    }
})