La ejecución de la consulta falló al ejecutar el comando Mongo a través del script bash

Eso no es un javascript. No puede llamar a un ejecutable externo desde javascript.

Simplemente ejecute mongorestore directamente:

mongorestore --host=localhost --port=27017 --gzip --archive=C:\backup --nsInclude 'n2aenv.*' --nsFrom 'n2aenv.*' --nsTo 'newDB.*'