MongoDB aún no tiene la capacidad de replicación selectiva.
No dude en abrir un JIRA:https://jira.mongodb.org/secure/Dashboard. jspa probablemente ya haya uno, pero una búsqueda mía en Google no puede mostrarlo.
Por supuesto, una opción aquí, para acelerar las cosas, es copiar físicamente los datos de una ubicación a otra sin esperar a que se establezca la replicación de MongoDB.
Como menciona @Stennie, este es en realidad el JIRA para la replicación selectiva:https://jira.mongodb .org/browse/SERVER-1559
