El problema es que está pasando 'alcance' como 'campos'.
Esto funciona:
db.variant_daily_collection.map_reduce(m, r, out="myoutput", query={"site_name": {'$in':['julie2.com','julie3.com','radiotiempo.com']}, 'timestamp': {'$gte':'20110601','$lte':'20110809'}}, scope={'variant_ids': ['4519','4518']})
Donde m es su función de mapa de arriba y r es su función de reducción de arriba. Acabo de insertar su documento de ejemplo tres veces para probar.
