¿Cómo resolver TypeError:callback.apply no es una función?

Estás usando demasiados argumentos.

Cambia esto:

viewerObj.update({_id: currentIDViewerVar} , {minutesWatched: 5},{upsert:true}  , function (err,result) {

      if (err) throw err;
      console.log("Viewer " + userNameVar + " gespeichert");
      console.log("minsWatched" +minsWatched);
});

a esto:

viewerObj.update({_id: currentIDViewerVar, minutesWatched: 5}, {upsert:true}, function (err,result) {

      if (err) throw err;
      console.log("Viewer " + userNameVar + " gespeichert");
      console.log("minsWatched" +minsWatched);
});

Ver los documentos:

• http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document- actualizar