Hay muchas formas de hacer lo que pides. Primero debe saber algunas cosas sobre los datos. ¿Cuántos documentos tendrá un documento B?
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Parece un caso en el que le gustaría que la Colección A tuviera un campo de elementos con documentos que son B. Hay un límite de 16 MB para eso, pero en la mayoría de los casos funciona bien.
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Mantenga un conteo en A con números de registros B insertados. (Es decir, cada vez que inserta una B,
$inc
el campo en A). Luego haría un índice en el campo de conteo para A y haríasort({count: -1})