La principal desventaja es el sesgo de consulta. El fenómeno de que tales bases de datos tienden a diseñarse con un tipo particular de consulta en mente y resultan difíciles de manejar cuando se deben escribir otras consultas.
Supongamos que tiene Estudiantes y Cursos, y modela todo eso para que pueda decir, en una sola fila en una sola tabla, "John Doe toma {Francés, Álgebra, Teoría Relacional}" y "Jane Doe toma {Alemán, Funcional". Computación, Teoría Relacional}".
Eso hace que sea fácil consultar "¿cuáles son todos los cursos seguidos por...", pero trate de imaginar lo que se necesitaría para producir la respuesta a "¿cuáles son todos los estudiantes que siguen Teoría Relacional?".
Intente e imagine todas las cosas que el sistema debería estar haciendo para dar a dicha consulta (si fuera posible escribirla) alguna posibilidad de realizar razonablemente...
