La respuesta corta a su pregunta es; tu no La única opción disponible para usted es almacenar cada par único como un solo elemento de matriz. Así que en lugar de:
{a:[1,2], b:[8,9]}
tu almacenas
{ab:[[1,8], [1,9], [2,8], [2,9]]}
Obviamente, esto tiene algunas desventajas, por lo que realmente depende de su caso de uso específico si esta es una solución alternativa adecuada o no. Sin embargo, estoy de acuerdo en que mongo no debería rechazar múltiples índices de matriz solo para pruebas de idiotas. Es una buena función para arreglos de cardinalidad pequeña/baja.
