MongoDb:¿cómo puedo actualizar varios elementos de un objeto anidado usando $set?

Puede actualizar usando lo siguiente:

db.myCollection.update({
    name: 'mydoc'
}, {
    $set: {
        'nestedDoc.b': 20,
        'nestedDoc.c': 30,
        'nestedDoc.d': 40
    }
})

Aquí hay más información sobre el comando de actualización:

• Actualizar documentos