MongoDB actualizando objeto de matriz dentro de una matriz

puedes usar $[] posicional-all para actualizar los elementos de matriz anidados, mongo doc para $[]

consulta

db.t14.update(
   {},
   { $set: { "calc.$[].datasets.$[elem].name": "updated" } },
   { arrayFilters: [  { "elem": "x1" } ], multi: true}
)

colección de muestras con un documento

> db.t14.findOne()
{
        "_id" : 1,
        "calc" : [
                {
                        "preset" : "abc",
                        "datasets" : [
                                {
                                        "_id" : "x1",
                                        "name" : "n1"
                                },
                                {
                                        "_id" : "x2",
                                        "name" : "n2"
                                }
                        ]
                }
        ]
}

actualizar

> db.t14.update({},{$set: { "calc.$[].datasets.$[elem].name": "newname" } },{ arrayFilters: [{ "elem.name": "n1" }], multi: true})
WriteResult({ "nMatched" : 1, "nUpserted" : 0, "nModified" : 1 })

publicar actualización

> db.t14.findOne()
{
        "_id" : 1,
        "calc" : [
                {
                        "preset" : "abc",
                        "datasets" : [
                                {
                                        "_id" : "x1",
                                        "name" : "newname"
                                },
                                {
                                        "_id" : "x2",
                                        "name" : "n2"
                                }
                        ]
                }
        ]
}
>