Así que lo hice funcionar (finalmente):
from flask import Flask
from mongoengine import connect
app = Flask(__name__)
app.config["MONGODB_DB"] = 'app12345678'
connect(
'app12345678',
username='heroku',
password='a614e68b445d0d9d1c375740781073b4',
host='mongodb://<user>:<password>@alex.mongohq.com:10043/app12345678',
port=10043
)
Aunque anticipo que varias otras configuraciones funcionarán.
