error de clave duplicada del campo mongo _id

Probablemente se deba a que tiene un índice que requiere un valor único para uno de los campos, como se muestra a continuación:

> db.servers.remove()
> db.servers.ensureIndex({"name": 1}, { unique: 1})
> db.servers.insert({"_id": "1.2.3"})
> db.servers.insert({"_id": "1.2.4"})
E11000 duplicate key error index: test.servers.$name_1  dup key: { : null }

Puedes ver tus índices usando getIndexes() en la colección:

> db.servers.getIndexes()
[
    {
        "v" : 1,
        "key" : {
                "_id" : 1
        },
        "ns" : "test.servers",
        "name" : "_id_"
    },
    {
        "v" : 1,
        "key" : {
                "name" : 1
        },
        "unique" : true,
        "ns" : "test.servers",
        "name" : "name_1"
    }
]