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¿Cómo eliminar documentos de varias colecciones según la ID en MongoDB?

Actualmente, esto simplemente no es posible. Para acceder a dos colecciones, tendría que usar el marco de agregación que, sin embargo, no puede realizar ninguna manipulación de datos en esta etapa. Además, el requisito "a la vez" requeriría soporte para transacciones que solo está disponible en una versión beta en este momento, así que nuevamente, mala suerte.

La conclusión es:su enfoque sugerido con la devolución de llamada es el camino a seguir.