Formateo de números rellenando con ceros a la izquierda en SQL Server

Cambia el número 6 a la longitud total que necesites:

SELECT REPLICATE('0',6-LEN(EmployeeId)) + EmployeeId

Si la columna es INT, puede usar RTRIM para convertirla implícitamente en VARCHAR

SELECT REPLICATE('0',6-LEN(RTRIM(EmployeeId))) + RTRIM(EmployeeId)

Y el código para eliminar estos 0 y recuperar el número 'real':

SELECT RIGHT(EmployeeId,(LEN(EmployeeId) - PATINDEX('%[^0]%',EmployeeId)) + 1)