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¿Cómo me conecto a una base de datos de SQL Server 2008 usando JDBC?

Hay principalmente dos formas de usar JDBC:usar la autenticación de Windows y la autenticación de SQL. La autenticación SQL es probablemente la más fácil. Lo que puedes hacer es algo como:

String userName = "username";
String password = "password";

String url = "jdbc:sqlserver://MYPC\\SQLEXPRESS;databaseName=MYDB";

Class.forName("com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver");
Connection conn = DriverManager.getConnection(url, userName, password);

después de agregar sqljdbc4.jar a la ruta de compilación.

Para la autenticación de Windows, puede hacer algo como:

String url = "jdbc:sqlserver://MYPC\\SQLEXPRESS;databaseName=MYDB;integratedSecurity=true";
Class.forName("com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver");
Connection conn = DriverManager.getConnection(url);

y luego agregue la ruta a sqljdbc_auth.dll como un argumento de VM (aún se necesita sqljdbc4.jar en la ruta de compilación).

Eche un vistazo aquí para obtener una breve guía paso a paso que muestra cómo conectarse a SQL Server desde Java usando jTDS y JDBC en caso de que necesite más detalles. ¡Espero que ayude!