Realmente depende de cómo vaya a acceder al árbol.
Una técnica inteligente es dar a cada nodo una identificación de cadena, donde la identificación del padre es una subcadena predecible del hijo. Por ejemplo, el padre podría ser '01' y los hijos serían '0100', '0101', '0102', etc. De esta manera, puede seleccionar un subárbol completo de la base de datos a la vez con:
SELECT * FROM treedata WHERE id LIKE '0101%';
Debido a que el criterio es una subcadena inicial, un índice en la columna ID aceleraría la consulta.