No puede hacer referencia a un alias fuera de SELECT y ORDER BY debido a la forma en que se analiza una consulta. La solución típica es enterrarlo en una tabla derivada:
SELECT
FirstName, LastName, Other,
Flag = CASE WHEN Other IS NOT NULL THEN 1 ELSE 0 END
FROM
(
SELECT FirstName, LastName,
CASE WHEN LastName = 'Jones'
THEN 'N/A'
END AS Other
FROM dbo.table_name
) AS x;