TSQL - ¿Cómo usar GO dentro de un bloque BEGIN .. END?

Tuve el mismo problema y finalmente logré resolverlo usando SET NOEXEC .

IF not whatever
BEGIN
    SET NOEXEC ON; 
END

ALTER TABLE dbo.EMPLOYEE ADD COLUMN EMP_IS_ADMIN BIT NOT NULL
GO
UPDATE dbo.EMPLOYEE SET EMP_IS_ADMIN = whatever

SET NOEXEC OFF;