Pruebe esto si está intentando ejecutar un archivo .sql en SSMS:
:r C:\Scripts\Script1.sql
:r C:\Scripts\Script2.sql
:r C:\Scripts\Script3.sql
...
nota:para que esto se ejecute, active el modo de comando sql (Consulta> Modo SQLCMD)
Si estos son scripts que ejecuta con bastante frecuencia, podría considerar colocarlos en un proceso almacenado y ejecutarlos de esa manera...
También puedes hacerlo a través de sqlcmd (que creo que es más común):
sqlcmd -S serverName\instanceName -i C:\Scripts\Script1.sql
