No se puede encontrar la columna dbo o la función definida por el usuario o el agregado dbo.Splitfn, o el nombre es ambiguo

Es una función con valores de tabla, pero la estás usando como una función escalar.

Prueba:

where Emp_Id IN (SELECT i.items FROM dbo.Splitfn(@Id,',') AS i)

Pero... también considere cambiar su función a un TVF en línea, ya que funcionará mejor.