Para usar la autenticación de Windows con sqlalchemy y mssql, se requiere la siguiente cadena de conexión:
Controlador ODBC:
engine = sqlalchemy.create_engine('mssql://*server_name*/*database_name*?trusted_connection=yes')
Instancia de SQL Express:
engine = sqlalchemy.create_engine('mssql://*server_name*\\SQLEXPRESS/*database_name*?trusted_connection=yes')