Tiene razón, System.Data no está allí (busqué lo mismo cuando comencé a jugar con WinRT). Tampoco podrá hacer referencia a él. Si desea hablar con una base de datos SQL, necesitará usar algún otro protocolo (WebService, SOAP, WCF, etc.).
Hay puertos para SQLite disponibles que parecen estar funcionando, lo que le dará una opción de base de datos local pero no una basada en servidor sin usar algún tipo de intermediario para llegar a la base de datos.
Como nota al margen, personalmente me hubiera gustado ver una aplicación Metro de escritorio que pudiera conectarse a una base de datos SQL Express, por ejemplo, pero actualmente no está en las tarjetas sin pasar por los aros.
