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Error fatal de PHP:llamada a la función indefinida mssql_query ()

No tiene instalados los controladores MS SQL. Puede verificar esto con phpinfo();

En Linux necesita mssql.so o sybase.so Con debian es apt-get install php5-sybase

Para ventanas echa un vistazo aquí:http:// msdn.microsoft.com/en-US/library/cc793139%28v=SQL.90%29.aspx

Los controladores deben configurarse para que PHP encuentre la función mssql_...

También puede ver las clases de PDO DB, ya que pueden conectarse a cualquier DBS, aunque necesita los controladores instalados.