Resolví este problema precompilando el controlador ODBC 17 para SQL Server en una máquina con Ubuntu 18.04 y copiando libmsodbcsql-17.5.so.2.1 y msodbcsqlr17.rll archivos en directorios apropiados a través de un paquete de compilación de Heroku. Este es el controlador ODBC 17.5 para SQL Server y probablemente no compilaré otras versiones de este controlador, pero imagino que el concepto sigue siendo el mismo.
El paquete de compilación Heroku y sus requisitos se pueden encontrar aquí https://github.com/matt-bertoncello/python-pyodbc-buildpack.git
